По-видимому, первыми костными рыбами были акантоды (Acanthodei), произошедшие в конце силура от панцирных рыб. В настоящее время акантод часто выделяют в отдельный класс. Как правило, это были мелкие веретеновидные рыбы с ганоидной чешуёй. На голове акантод находились мелкие пластинки, перед плавниками – шипы. Акантоды обитали в основном в пресных водах; одни питались планктоном, другие были хищниками.
Акантоды вымерли в начале перми. Но до этого, ещё в девоне, от них произошли двоякодышащие рыбы – первые настоящие костные рыбы. Класс костных рыб делится на два подкласса (иногда выделяемых в отдельные классы): лопастепёрые (Sarcopterygii) и лучепёрые (Actinopterygii). К последним относятся палеониски, хрящевые и костные ганоиды, а также костистые рыбы – всех их мы рассмотрим в следующих параграфах. Лопастепёрые рыбы подразделяются на кистепёрых и двоякодышащих. Рассмотрим эти надотряды отдельно.
Двоякодышащие рыбы известны прежде всего тем, что помимо жаберного дыхания у них развито и лёгочное, вместо плавательного пузыря имеется своеобразное лёгкое , соединённое с пищеводом. Некоторые двоякодышащие, поднимаясь на поверхность, могут заглатывать атмосферный воздух. Удлинённое тело может достигать в длину 2 м. Эти рыбы могут пережидать длительную засуху, зарывшись в ил.
Непарные плавники имеют характерное для подкласса перистое строение. Верхняя челюсть сращена с черепом, хорда сохраняется всю жизнь. В сердце имеется артериальный конус, между левым и правым предсердиями имеется частичная перегородка. К лёгкому подходит лёгочная дуга кровообращения. Кишечник со спиральным клапаном открывается в клоаку.
Двоякодышащие – пресноводные рыбы, обитающие в стоячих или пересыхающих водоёмах. К настоящему времени сохранилось только 3 семейства этих животных отряда рогозубообразных (6 видов): рогозуб в Австралии, лепидосирен в бассейне Амазонки и протоптеры в Центральной Африке. Все двоякодышащие имеют некоторое промысловое значение.
Другой надотряд лопастепёрых – кистепёрые рыбы, произошедшие в девоне от древних двоякодышащих. Они ползают по дну, опираясь на мускулистые парные плавники, укреплённые кистеобразно разветвляющимися скелетными фрагментами подобно конечностям наземных позвоночных. Спинных плавников два. Череп разделён на две части, подвижные друг относительно друга. Хорда сохраняется всю жизнь.
Все кистепёрые рыбы – хищники. Вымершие в начале перми рипидистиобразные имели внутренние ноздри, что позволило им выбраться на сушу и стать родоначальниками земноводных. Древние целакантообразные до недавнего времени также считались вымершими, поэтому открытие в 1938 году у Коморских островов живого целаканта – латимерии – стало настоящей сенсацией, которую можно сравнить разве что с поимкой живого динозавра. Латимерии – крупные рыбы длиной более 1,5 м и массой до 100 кг. Эти животные никогда не выходили на сушу и потому снова утратили внутренние ноздри и лёгкие.